《办法》共六章19条，分别为总则、建设原则与评定条件、申报推荐与审核确定、总结评价与提升发展、组织管理与支撑保障和附则。

《办法》明确，县级人民政府、省级高新技术产业开发区管委会或省级经济技术开发区管委会是国家火炬特色产业基地（以下简称“特色产业基地”）的建设主体。

在评定条件方面，《办法》提出，特色产业基地需具有较好的产业基础。特色产业及其主要产品在本行业具有竞争优势，特色产业实现年营业收入超过50亿元，或占县（市、区）人民政府、省级高新技术产业开发区或省级经济技术开发区年营业收入比重超过50%，在节能环保、公共安全等方面符合国家相关政策和标准规范。

特色产业基地还需具有较完备的企业创新体系。有在国内同行业具有明显竞争优势和示范带动作用的科技领军企业、一定数量的高新技术企业和科技型中小企业；有省级以上（含省级）重点实验室、工程（技术）研究中心、企业技术中心、新型产业技术研究机构等研发机构和创新合作组织；有一定数量的创新领军人才和研发人员，以及一批具有自主知识产权的技术和产品；参与制定并形成国家标准或行业标准；基地特色产业R&D经费投入强度不低于3%。

此外，特色产业基地还需能够整合利用内外部资源，形成特色产业领军企业带动、大中小企业协同、产业链上下游互动的产业链条，具有一定的产业链供应链韧性和安全水平。

为引导区域经济协同发展，《办法》规定，一个县（市、区）或省级高新技术产业开发区、省级经济技术开发区可申报一家特色产业基地。已有特色产业基地的不再申报。

《办法》提出，科技部火炬中心每年组织开展特色产业基地总结评价工作。总结评价采用定性与定量相结合的方式，重点评价特色产业基地建设进展情况、特色产业发展成效、产业技术创新能力、产业发展生态、创新体系建设等。总结评价结果分为优秀、良好、合格和整改。对于连续两次评价结果为整改的，将取消其特色产业基地资格。